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Ingénieur en Génomique Environnementale H/F
Ifremer
la tremblade, france
Posted on May 7, 2026
Les missions du poste
Date de clôture de réception de candidatures : 04/06/2026
Qui sommes-nous ?
L'unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins), localisée à la station de La Tremblade, en Charente Maritime, centre ses objectifs sur l'acquisition de connaissances et la proposition de solutions dans le domaine de la santé et l'adaptation des invertébrés marins, en particulier des mollusques bivalves. Les axes de recherche de l'unité portent sur la diversité et les interactions de ces espèces et des organismes pathogènes associés afin d'anticiper leur émergence dans un contexte de changement global.
L'unité ASIM est un lieu d'intégration forte entre des activités de recherche et de surveillance/référence grâce une expertise reconnue internationalement. L'unité est le Laboratoire National de Référence (LNR) et Laboratoire de Référence de l'Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques marins. L'unité ASIM a un accès privilégié à la plateforme des mollusques marins (PMM-LT), dont un laboratoire A2 permettant la réalisation d'essais expérimentaux.
Quelles seront-vos missions ?
Vous exercerez au sein de l'unité ASIM, sous l'autorité de la responsable d'unité et avec l'encadrement des chercheurs de l'unité. Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet GoodVibe (Genetic Of Oyster Disease VIBriosis and Environment) qui porte sur l'amélioration des programmes de sélection sur l'huître creuse Crassostrea gigas pour la résistance aux mortalités dues à la bactérie Vibrio aestuarianus.
Ce projet a pour objectif d'étudier les facteurs d'interactions entre la résistance aux épisodes de mortalités sur les sites d'élevage, l'âge des animaux et le parcours zootechnique pour optimiser les schémas de sélection. Pour cela, des animaux sains et moribonds ont été échantillonnés dans différentes conditions de terrain.
Dans ce contexte, vous participerez à l'extraction de l'ADN des huîtres et à la réalisation de PCR ciblées pour conduire une approche de métabarcoding 16S, ainsi que d'un marqueur spécifique de Vibrio, afin de caractériser finement les communautés bactériennes de chaque individu.
Ce travail sera complété par une analyse de métagénomique totale sur un sousensemble d'animaux, permettant la reconstruction de génomes bactériens (MAG) et l'identification de voies métaboliques d'intérêt.
L'ensemble des données produites servira à établir les profils microbiens associés à chaque lot, à les relier aux génotypes des huîtres et à identifier les signatures microbiennes impliquées dans la résistance ou la sensibilité à Vibrio aestuarianus.
Quelles seront vos activités ?
- Assurer la traçabilité et le stockage des échantillons
- Réaliser et optimiser l'extraction des ADN à partir des tissus collectés.
- Garantir la qualité et la quantité d'ADN nécessaires aux approches de séquençage Nanopore.
- Réaliser et optimiser les PCR pour les marqueurs 16S et spécifique Vibrio.
- Préparer les librairies de séquençage Nanopore (amplicon et métagénomique).
- Contrôler la bonne conduite des séquençages Nanopore.
- Participer aux analyses bioinformatiques et biostatistiques des données générées.
Avec qui travaillerez-vous ?
- En interne : unité IHPE (Montpellier), SeBiMER (Brest)
- En externe : SYSAAF (Rennes)
Le profil recherché
Qui êtes-vous ?
Vous avez un diplôme d'ingénieur et/ou Master 2 spécialité écologie microbienne / génomique environnementale
Compétences techniques/métiers
Idéalement, vous avez une double compétence en biologie moléculaire et en bioinformatique
- Maitrise des outils de base de la biologie moléculaire :
- Extraction d'ADN
- Contrôle qualité des ADN
- PCR
- Préparation de librairies de séquençage
- Maitrise du séquençage Nanopore
- Maitrise des outils de base de la bioinformatique :
- Utilisation de clusters de calculs
- Bash / Python / R
- Utilisation d'outil LLM
Des connaissances en écologie microbienne et génomique environnementale seraient appréciées, notamment sur la diversité et la dynamique des communautés microbiennes, les interactions microflore-hôte-environnement, l'écologie fonctionnelle et les voies métaboliques microbiennes, ainsi que les concepts clés de génomique environnementale (MAG, binning, annotation fonctionnelle).
Qualités personnelles
- Curiosité
- Sens de l'organisation
- Travail en équipe
Bienvenue chez Ifremer
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Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
www.ifremer.fr
Infos complémentaires
Poste à temps complet à pourvoir début septembre 2026
Déplacements occasionnels, télétravail selon accord d'entreprise.
Comment postuler ?
Envoyer votre CV, une lettre de motivation et deux lettres de recommandations (dont une de l'encadrant du stage de fin d'études).
Date limite du dépôt des candidatures : 04/06/2026
La carte
Avenue de Mus de Loup
17390 La Tremblade
Localiser le poste
Publiée le 07/05/2026 - Réf : 4061706/28761617 2026-1865