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Chercheur en Écologie Microbienne des Systèmes Marins Exploités H/F
Ifremer
Noumea, New Caledonia
Posted on Apr 30, 2026
Les missions du poste
Date de clôture des candidatures : 28/05/2026
Qui sommes-nous ?
Depuis janvier 2020, l'unité LEAD-NC (Lagon, Ecosystèmes et Aquaculture Durable en Nouvelle-Calédonie) est membre de l'UMR Entropie (Écologie Marine Tropicale des océans Pacifique et Indien) dont l'objectif général est d'étudier la biodiversité et les ressources marines et littorales de la grande région Indo-Pacifique tropicale. Nos travaux visent à comprendre la dynamique et la vulnérabilité de cette biodiversité face aux forçages environnementaux naturels et anthropiques et à développer des outils de conservation et de valorisation durable des ressources, d'aide à la gestion et à la gouvernance.
Les travaux de l'unité Ifremer LEAD se concentrent plus particulièrement sur la caractérisation et la compréhension de la dynamique des écosystèmes lagonaires et des agrosystèmes, leur état de santé, à différentes échelles (de l'écosystème à l'organisme) selon trois axes i) la dynamique des forçages environnementaux lors d'épisodes intenses (eg. Canicules marines, dépressions tropicales), ii) la diversité et structure microbienne environnementale le long du continuum terre-mer en prenant en compte les agrosystèmes iii) la réponse de l'holobionte (limites physiologiques d'organismes d'intérêt écologique ou aquacole, plasticité phénotypique...) face à ces forçages.
Le poste est placé sous l'autorité du Responsable de l'Unité LEAD NC / Délégué Ifremer en Nouvelle-Calédonie. Il est positionné sur le centre IRD de Nouméa.
Vous mènerez des activités de recherche et d'expertise répondant à l'enjeu « Diversité, structure et rôle du microbiome dans les écosystèmes marins » de l'UMR Entropie dont vous porterez le rôle de coanimateur(trice) de cet enjeu, comprenant également les systèmes d'élevage aquacole. Vous favoriserez une approche intégrée en lien étroit avec les autres chercheurs du LEAD-NC et d'Entropie dans un contexte de changement global et de pressions anthropiques.
Quelles sera votre mission ?
Vous mènerez des activités de recherche s'inscrivant dans les différents projets en cours au sein de l'unité en interaction étroite avec les autres cadres de recherche de l'unité :
- Étude de la dynamique et de la structure du microbiome par des approches OMICs, intégrant les différents phyla (bactéries, archées, protistes, micro algues et virus), dans les systèmes d'élevage et dans les écosystèmes lagonaires, dans un contexte de changement climatique et de pressions anthropiques ;
- Étude de la dynamique et de la structure du microbiome en relation avec des phénotypes de réponses contrastées (mortalités, accumulation métaux, polluants...) sur des espèces marines d'intérêt économique et/ou écologique (étude de l'holobionte) ;
- Caractérisation écologique d'espèces de microorganismes potentiellement néfastes et/ou toxiques dans les écosystèmes lagonaires et agrosystèmes (vibrio, algues toxiques...) ;
- En particulier sur le modèle de crevette exploité (Penaeus stylirostris) : étude d'une potentielle gestion des communautés microbiennes en élevage afin d'optimiser les performances d'élevage, dans un contexte de suppression des antibiotiques en écloserie; et évaluation de l'impact de nouvelles pratiques zootechniques (utilisation de nouveaux ingrédients pour la nutrition animale telles que les farines d'insectes, ou de probiotiques) sur leur microbiome et l'état physiologique des crevettes ;
Pour répondre à ces questions, les travaux conduits s'intéresseront principalement à deux composantes du compartiment microbien : la diversité et structure des procaryotes et les producteurs primaires en interaction étroite avec le cadre de recherche s'intéressant à l'écophysiologie des microalgues (toxiques et non toxiques).
Vous participerez à la réflexion pour la mise en place de nouvelles infrastructures expérimentales en biologie marine.
Au sein de l'UMR Entropie, vous serez en charge de la coanimation scientifique de l'enjeu « Diversité, structure et rôle du microbiome dans les écosystèmes marins » en collaboration avec un autre membre de l'UMR basé à la Réunion.
Quelles seront vos activités ?
Vous aurez pour principales activités :
- Définition et mise en oeuvre des actions de recherche sur l'écologie microbienne (dynamique et fonctionnelle) des systèmes d'élevage et du milieu « naturel » environnant en lien étroit avec les autres chercheurs de l'UR et de l'UMR Entropie ;
- Développement des partenariats scientifiques et techniques avec les organismes partenaires, localement, régionalement ou avec les unités de métropole ;
- Montage et financement de projets de recherche collaboratifs ;
- Participation à la formation par la recherche (encadrement étudiants, thèse).
- Valorisation des résultats obtenus et contribution à la communication des travaux menés (présentations, publications, ...)
- Animation scientifique de l'enjeu « Diversité, structure et rôle du microbiome dans les écosystèmes marins », participation aux comités de pilotage de l'UMR et à l'animation inter-enjeux.
Avec qui allez-vous travailler ?
- En interne : Chercheurs, techniciens et administratifs de l'implantation Ifremer en Nouvelle-Calédonie ou d'autres unités ultramarine ou métropolitaines sur des thématiques similaires
- En externe : Personnels de l'UMR Entropie et plus largement du CRESICA (Consortium pour la Recherche l'Enseignement Supérieur et l'Innovation en Nouvelle-Calédonie) : chercheurs et techniciens IRD, UNC, IAC, IPNC...
Au niveau régional : chercheurs d'autres organismes (eg. Cawthron, CSIRO...)
Le profil recherché
Qui êtes-vous ?
- Doctorat en microbiologie, biologie et dynamique des populations, écologie
- Expériences professionnelles / Post-doctorats souhaités
Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :
- Connaissances en écologie microbienne marine (procaryotes et protistes)
- Ecologie quantitative
- Maitrise des outils de suivi des communautés microbiennes in situ (outils moléculaires, ADNe, qPCR,...)Maitrise des traitements bioinformatiques des données brutes de séquençage (short reads, long reads, ADN et ARN)
- Maitrise des outils et méthodes d'analyses de données (statistique, bioinformatique...)
- Expérience dans la conduite et la mise en place d'expériences
- Des expériences professionnelles (postdoctorales) au sein d'universités et/ou instituts de recherche reconnus dans la thématique sont des atouts pour le poste.
- Compétences en gestion de projet,
- Capacité à développer des projets de recherche et à obtenir des financements compétitifs
- Anglais obligatoire
Vous avez les qualités suivantes :
- Aptitude à l'encadrement et au travail d'équipe
- Capacités rédactionnelles et de communication en français et en anglais
- Très bonne capacité à travailler en équipe et à collaborer avec des partenaires académiques, institutionnels et des politiques publiques.
- Goût pour le travail de terrain et d'analyse de données.
- Rigueur scientifique
Bienvenue chez Ifremer
Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète
Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
www.ifremer.fr
Infos complémentaires
Comment postuler ?
Merci de joindre votre CV et votre lettre de motivation, en un seul document pdf.
Quels sont nos avantages ?
- Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux.
- Nous consacrons un budget conséquent au développement des compétences, par des actions individuelles ou collectives.
- Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée des raisons d'être de l'institut (forfait mobilité durable...)
Quelles sont les prochaines étapes ?
- Échange téléphonique ou en visioconférence pour préqualification
- Entretien, lors d'une commission de recrutement, avec plusieurs interlocuteurs techniques et RH
- Validation du dossier par le directeur du département
La carte
101 Promenade Roger Laroque
98800 Nouméa
Localiser le poste
Publiée le 30/04/2026 - Réf : 4028895/28640539 2026-025