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Thèse Écologie Microbienne Marine H/F
Ifremer
Sète, France
Posted on Apr 3, 2026
Les missions du poste
Date de clôture de réception de candidatures : 24/04/2026
Qui sommes-nous ?
Vous serez accueilli.e au sein de l'UMR MARBEC, une unité de recherche reconnue internationalement dans l'étude de la biodiversité marine, de son exploitation et de sa conservation. L'environnement scientifique est interdisciplinaire, combinant écologie, microbiologie, aquaculture et sciences sociales.
Le projet s'inscrit dans des programmes internationaux structurants (ExPLOI, financé par AFD-FFEM, et mis en oeuvre par la COI et l'IRD ; THREATS, financé par ExposUM) portant sur les impacts des plastiques et les risques sanitaires en aquaculture, avec de nombreux partenaires académiques en Europe, Afrique et Asie.
Vous bénéficierez d'infrastructures de pointe en biologie moléculaire, séquençage et bioinformatique, ainsi que d'un réseau de collaborations internationales.
Vous serez encadré.e par une directrice (Emmanuelle ROQUE D'ORBCASTEL, Ifremer/UMR MARBEC/ Sète) et un co-directeur (Jean-Christophe AUGUET, CNRS/ UMR MARBEC, Vietnam) ; il/elle sera intégrée à une équipe pluridisciplinaire associant écologie microbienne, aquaculture et sciences sociales, au sein de l'UMR MARBEC Sète.
Quel est le sujet de la thèse ?
« Impact des plastiques aquacoles sur la propagation des gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques : risques pour l'aquaculture et la santé humaine. »
Le projet doctoral vise à comprendre le rôle des plastiques comme vecteurs de pathogènes et de gènes d'antibiorésistance dans les écosystèmes aquacoles, à travers une approche comparative entre différentes régions du monde et une évaluation des risques pour la santé humaine.
L'étude sera menée dans deux zones contrastées : l'une en Asie du Sud-Est (Vietnam) dans un écosystème aquacole intensif et sous forte pression aux antibiotiques et déchets plastiques, l'autre en océan Indien (île Maurice, Madagascar) avec un écosystème aquacole présentant des pratiques plus durables (faible utilisation d'antibiotiques, faibles densités en plastiques). L'objectif est de comprendre comment les plastiques aquacoles pourraient contribuer à la propagation de pathogènes résistants aux antibiotiques dans l'environnement, et d'évaluer les risques pour la santé humaine liés à l'exposition aux antibiotiques (risques pour l'aquaculteur) et la consommation de produits de la mer contaminés (risques pour le consommateur).
Le projet présente trois axes : (1) caractérisation du pathobiome et du résistome associés aux plastiques aquacoles à des échelles régionale et locale, (2) transfert de pathogène marin modèle via les plastiques vers les tissus animaux et persistance après différents procédés alimentaires, et (3) contribution à l'évaluation des risques sanitaires humains associés à la contamination microbienne, et gènes de résistance/ virulence dans les poissons exposés aux plastiques.
Quelles seront vos missions et vos activités ?
1. Caractérisation environnementale et microbiologique
- Analyse du résistome et du pathobiome associés aux plastiques aquacoles à des échelles régionales et locales, au travers de données en partie acquises lors des campagnes Plastic Odyssée dans la Région, et de la campagne Vectoplastic à Madagascar). De nouvelles données de terrain seront acquises pour l'étude du résistome, à Maurice et au Vietnam, afin d'étudier la circulation des gènes d'antibiorésistance entre les différents compartiments du milieu.
- Échantillonnage en milieu naturel (eau, sédiments, poissons, plastiques)
- Analyses en biologie moléculaire et métagénomique
2. Expérimentations
- Mise en place d'expériences contrôlées de transfert de pathogènes aux espèces consommées par l'homme
- Suivi de la persistance de ces microorganismes dans les tissus, après différentes méthodes de préparation des aliments
3. Évaluation des risques
- Contribution à l'analyse des risques pour les travailleurs et les consommateurs
- Intégration de données biologiques et sociales
- Cet axe se fera en collaboration avec un.e autre doctorant.e sur ce sujet recruté.e par le CNRS sur l'appel 80 PRIME 2026.
4. Approche interdisciplinaire
- Participation aux enquêtes auprès d'acteurs de l'aquaculture dans le sud-ouest de l'océan indien
5. Valorisation scientifique
- Publications (3 articles)
- Communications dans des congrès internationaux
Mots clés
Plastiques, aquaculture, microbiologie, antibiorésistance, pathogènes, santé humaine, résistome
Comment se déroulera votre activité ?
Le projet se déroulera sur 3 ans avec :
- Travail en laboratoire (France - Sète / Montpellier)
- Missions de terrain (Vietnam, Île Maurice)
- Expérimentations en conditions contrôlées (Madagascar)
- Analyse de données et modélisation
Le profil recherché
Qui êtes-vous ?
- Master 2 ou diplôme d'ingénieur (Bac +5) ou équivalent en écologie, microbiologie ou sciences marines
Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :
- Écologie microbienne et/ou environnementale
- Techniques de biologie moléculaire
- Analyse de données (R indispensable)
- Bioinformatique (appréciée)
- Expérience en laboratoire et/ou terrain
- Anglais scientifique (bon niveau requis)
Vous avez les qualités suivantes :
- Rigueur scientifique
- Autonomie et esprit d'initiative
- Capacité d'analyse et de synthèse
- Goût pour le travail interdisciplinaire et international
- Bon relationnel et travail en équipe
Bienvenue chez Ifremer
Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète
Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
www.ifremer.fr
Infos complémentaires
Quels sont nos avantages ?
- Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux. Nous avons une politique d'incitation à la mobilité douce : forfait mobilité durable.
- Nous avons une politique ambitieuse de développement des compétences de nos collaborateurs, au travers des actions de formation individuelles ou collectives.
- Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée de nos raisons d'être.
Comment postuler ?
Le dossier de candidature doit comprendre dans un même pdf :
- un CV
- une lettre de motivation
- une lettre de référence
- un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)
La date limite pour la remise des candidatures est le 24/04/2026. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec les responsables de sujet :
- Emmanuelle Roque
- Jean-Christophe Auguet
Les contrats des doctorants démarreront à compter du 5 octobre 2026, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l'Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d'ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).
Quelles sont les prochaines étapes ?
- Évaluation de votre dossier
- Entretien, lors d'une commission à l'école doctorale, avec des interlocuteurs de l'école doctorale et de l'Ifremer
- Validation du dossier par le conseil de l'école doctorale
La carte
87 Avenue Jean Monnet
34200 Sète
Localiser le poste
Publiée le 03/04/2026 - Réf : 3934966/28223705 2026-1851